Con el fin de evaluar la diversidad genética y la estructura de Melipona mandacaia, analizamos 104 colonias recolectadas en 12 localidades del estado de Bahía, noreste de Brasil, mediante ISSR-PCR. Se obtuvo un total de 109 bandas con un polimorfismo significativo del 72,47%. Las estimaciones de la diversidad genética indicaron valores bajos de heterocigosidad (los valores de He y HB fueron de 0,2616 y 0,2573, respectivamente). Estos valores reducidos han sido señalados en otros estudios en abejas sin aguijón y quizá se justifiquen por el proceso de dispersión en el origen de los nuevos nidos. El AMOVA reveló que el mayor porcentaje de variación se da dentro de las localidades (70,39%). Los valores ΦST y θB fueron, respectivamente, 0,2961 y 0,3289, lo que indica una estructuración moderada de la población. La correlación entre distancias genéticas y geográficas (r=0,4542; P<0,01) sugiere aislamiento por distancia. Nuestro estudio contribuye a describir la diversidad genética de los organismos endémicos de Caatinga y puede ayudar en futuros esfuerzos para preservar este bioma amenazado.
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