Coix lacryma-jobi L. es un importante cereal menor con un alto valor nutricional y medicinal en los países asiáticos. La región montañosa del sur de China es el centro secundario de diversidad de Coix lacryma-jobi L. En el presente estudio, tomamos una muestra de 139 genotipos de Coix lacryma-jobi L. de cuatro regiones geográficas del suroeste de China y analizamos la diversidad genética y la estructura de la población utilizando marcadores AFLP. Seis combinaciones de cebadores detectaron un total de 743 (89,52%) loci polimórficos. El porcentaje de bandas polimórficas en las cuatro poblaciones geográficas oscilaba entre el 56,02% (Guangxi) y el 86,75% (Guizhou). La diversidad genética global de 139 Coix lacryma-jobi L. era relativamente baja (h oscilaba entre 0,1854 y 0,2564). El método de unión de vecinos agrupó todos los genotipos de Coix lacryma-jobi L. en dos conglomerados sin que se observara afinidad geográfica entre los genotipos del mismo grupo. El Fst indicó que los dos clusters presentaban una gran diferenciación genética. El análisis AMOVA mostró que la variación molecular dentro de las poblaciones era mucho mayor que entre las poblaciones de las regiones geográficas y las subpoblaciones derivadas de STRUCTURE. Las actividades humanas y el sistema de cruzamiento natural de Coix lacryma-jobi L. pueden tener una gran influencia en su distribución, diversidad genética y estructura poblacional. Nuestro estudio proporciona también información útil para los programas locales de cría de Coix lacryma-jobi L.
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