Alternaria alternata es uno de los hongos más importantes que causan diversas enfermedades en los cítricos de todo el mundo. En Marruecos, Alternaria black rot (ABR) y Alternaria brown spot (ABS) son dos de las principales enfermedades causantes de graves pérdidas en cultivares comerciales de cítricos. El objetivo del presente trabajo era estudiar la diversidad genética y la estructura de la población de aislados pertenecientes a la sect. Alternaria obtenidos de cítricos infectados, recolectados en siete provincias de diferentes lugares de Marruecos (mercados, almacenes de envasado y huertos). Se analizaron 45 aislados mediante marcadores de polimorfismo amplificado relacionado con la secuencia (SRAP), y se realizó un análisis de conglomerados de fragmentos de ADN utilizando el método UPGMA y el coeficiente de Jaccard. El análisis de conglomerados reveló que los aislados se clasificaban en cuatro grupos distintos. El AMOVA reveló también un gran grado de variación dentro de los aislados de sect. Alternaria (99%). Los resultados demuestran que no se encontró correlación entre el patrón SRAP, el huésped y el origen geográfico de estos aislados. Los análisis de la estructura de la población mostraron que los aislados de Alternaria procedentes de la misma colección tenían casi un nivel similar de mezcla.
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