Exopalaemon carinicauda podría ser un animal de laboratorio crustáceo útil en muchos campos de investigación. Hemos establecido recientemente una línea endogámica de Exopalaemon carinicauda denominada línea endogámica EC4 mediante apareamiento hermano×hermana y manteniéndola hasta la generación F11. Se examinaron las tendencias de la heterocigosidad en el proceso de producción de la línea endogámica EC4 mediante la caracterización de polimorfismos basada en las frecuencias génicas de SNP y loci EST-SSR. Los resultados demostraron que el número de alelos (N), la heterocigosidad observada (Ho), la heterocigosidad esperada (He) y el contenido de información de polimorfismo (PIC) disminuían gradualmente con el aumento de generaciones de endogamia. Los resultados de la detección genética indicaron que 9 (29,03%, 9/31) de los loci SNP y 15 (32,61%, 15/46) de los loci EST-SSR eran homocigóticos en la generación F11 de la línea endocriada EC4. Se describió la variación de los rasgos relacionados con el crecimiento, las respuestas inmunitarias y el estado antioxidante en poblaciones experimentales consanguíneas de E. carinicauda con cinco niveles de coeficiente de consanguinidad (F=0,785, F=0,816, F=0,859, F=0,886, F=0,908) en condiciones controladas de laboratorio. El peso corporal, la longitud corporal y la tasa de supervivencia en la línea endogámica EC4 de todas las generaciones fueron inferiores a los de la población control. La endogamia afectó a la actividad antibacteriana, la actividad fenoloxidasa (PO) y la superóxido dismutasa (SOD), que disminuyeron en la undécima generación de la línea endogámica EC4. Este estudio demostró que la consanguinidad tenía un efecto negativo sobre los rasgos económicos y la respuesta inmunitaria, pero nuestra línea consanguínea se estableció con éxito hasta la F11 y se confirmó mediante detección genética utilizando SNP y loci EST-SSR.
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