En este estudio se examinó la abundancia de bacterias y desnitrificantes de tipo nirS asociados a las rizosferas de tres especies de macrófitos emergentes (Juncus effusus, Typha latifolia y Peltandra virginica) para conocer mejor las interacciones entre plantas y microbios en los suelos de los humedales. El muestreo de las propiedades de las plantas y del suelo se realizó durante la temporada de crecimiento (junio) y tras la senescencia de las plantas (noviembre) en dos humedales de agua dulce de marea. Se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa para determinar la abundancia de bacterias (16S rRNA) y de genes desnitrificantes de tipo nirS de la rizosfera y el rizoplano de cada especie vegetal y de los suelos cercanos sin vegetación. En el caso de las bacterias, hubo un efecto positivo de la rizosfera que no difirió significativamente entre las especies de plantas. Por el contrario, se observaron diferencias significativas en la abundancia de desnitrificantes de tipo nirS entre las especies de plantas. La abundancia en la rizosfera fue ∼2 veces mayor en Peltandra virginica y 4 veces mayor en Typha latifolia en comparación con Juncus effusus. Tanto para las bacterias como para los desnitrificantes de tipo nirS, los efectos de las plantas fueron mayores durante la estación de crecimiento, y la abundancia estaba altamente correlacionada con el pH del suelo, la humedad y el contenido de materia orgánica. En general, estos resultados demuestran que los efectos de las plantas sobre la comunidad microbiana de la rizosfera pueden ser específicos de cada especie y que existe una relación sinérgica entre las especies vegetales y las condiciones ambientales.
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