Un motor molecular utiliza energía química libre para generar un movimiento unidireccional a través del fluido viscoso. En muchos entornos experimentales y biológicos, un motor molecular está elásticamente vinculado a una carga. El movimiento estocástico de un sistema motor molecular-carga está gobernado por un conjunto de ecuaciones de Langevin, cada una correspondiente a un estado individual de ocupación química. El cambio de estado de ocupación química está modelado por un proceso de Markov discreto en espacio continuo en tiempo. La densidad de probabilidad de un sistema motor-carga está gobernada por una ecuación de Fokker-Planck bidimensional. La operación de un motor molecular está dominada por una alta fricción viscosa y grandes fluctuaciones térmicas del fluido circundante. La velocidad instantánea de un motor molecular es altamente estocástica: la velocidad pasada es rápidamente amortiguada por la fricción viscosa y la nueva velocidad es rápidamente excitada por los bombardeos de las moléculas del fluido circundante. Por lo tanto,
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