A menudo se supone que los eucarianos se originaron a partir de las arqueas. Este punto de vista ha sido apoyado recientemente por análisis filogenéticos en los que los eucarianos están anidados dentro de las arqueas. Aquí sostengo que estos análisis no son fiables, y discuto críticamente los escenarios de ancestros arcaicos, así como los escenarios de fusión para el origen de los eucariotas. Basándome en las tendencias evolutivas reconocidas hacia la reducción en las arqueas y hacia la complejidad en los eucariotas, sugiero que su último ancestro común fue más complejo que las arqueas modernas pero más simple que los eucariotas modernos (el escenario del bicho intermedio). Propongo que los ancestros de las arqueas (y las bacterias) escaparon de los depredadores protoeucariotas invadiendo biotopos de alta temperatura, lo que desencadenó su evolución reductora hacia el fenotipo "procariota" (la hipótesis de la termoreducción). Curiosamente, mientras que las arqueas y los eucariotas comparten muchas características básicas a nivel molecular, el moviloma de las arqueas se parece más al de las bacterias que al de los eucariotas. Sugiero que la selección de diferentes partes de la virósfera ancestral en el inicio de los tres dominios desempeñó un papel crítico en la conformación de sus respectivas biologías. Probablemente, Eukarya evolucionó hacia la complejidad con la ayuda de los retrovirus y los grandes virus de ADN, mientras que una presión de selección similar (termorreducción) podría explicar por qué los movilomas de las arqueas y de las bacterias se parecen en cierto modo.
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