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Artículo

The virtual laboratory : a toolset to enable distributed molecular modelling for drug design on the world-wide gridEl laboratorio virtual : un conjunto de herramientas para permitir el modelamiento de distribución molecular para diseño de drogas sobre un grid mundial

Resumen

Los grids computacionales están emergiendo como un nuevo paradigma para compartir y agregar recursos distribuidos geográficamente, para resolver cómputos a gran escala y problemas intensivos de datos en ciencia, ingeniería y comercio. Sin embargo, el desarrollo de aplicación, la gestión de recursos y la programación en estos ambientes es una tarea compleja. En este artículo, los autores ilustran el desarrollo de un ambiente de laboratorio virtual al aprovechar las tecnologías de Grid existentes para permitir el modelamiento molecular para el diseño de drogas sobre recursos geográficamente distribuidos. Esto involucra filtrar (screening) millones de compuestos en la base de datos química (CDB) contra una proteína objetivo para identificar aquella con uso potencial para el diseño de la droga. Los autores han empleado el lenguaje de especificación de parámetros Nimrod-G para transformar la aplicación de acople molecular existente en una aplicación de barrido de parámetro para ejecutar sobre los sistemas distribuidos.

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