La mayoría de las células en la naturaleza probablemente existen en un estado similar a la fase estacionaria, debido a la limitación de nutrientes en la mayoría de los entornos. Los estudios sobre bacterias y levaduras revelan cambios morfológicos y fisiológicos a lo largo de la fase estacionaria, que conducen a una mayor capacidad para sobrevivir a la limitación prolongada de nutrientes. Sin embargo, hay poca información sobre las respuestas de las arqueas en la fase estacionaria. Hemos investigado los cambios a nivel de proteínas y lípidos en Thermococcus kodakarensis con un tiempo prolongado en la fase estacionaria. Las adaptaciones al tiempo en fase estacionaria incluyeron el aumento de la proporción de lípidos de membrana con una columna vertebral de tetraéter, la síntesis de proteínas que aseguran la fidelidad de la traducción, la regulación específica de los transportadores ABC (regulación al alza de algunos, regulación a la baja de otros), y la regulación al alza de las proteínas implicadas en la producción de coenzimas. Dado que se desconoce el mecanismo biológico de la síntesis del tetraéter, también consideramos si alguno de los cambios a nivel de proteínas en T. kodakarensis podría arrojar luz sobre la producción de lípidos de tetraéter a lo largo del mismo periodo. Una putativa hidrolasa de carbono-nitrógeno, un homólogo de TldE (una proteasa de Escherichia coli) y una subunidad del complejo de hidrogenasa unida a la membrana fueron candidatos a participar en las reacciones relacionadas con el tetraéter, mientras que el aumento de las proteínas de síntesis de adenosilcobalamina podría apoyar un posible mecanismo radical como desencadenante de la síntesis de tetraéter.
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