Las secuencias cortas intercaladas repetidas (SINEs), son retrotransposones que abundan en los genomas humanos y durante mucho tiempo se consideraron ADN basura. Sin embargo, hallazgos recientes indican que estos elementos móviles son transcritos, tanto como transcripciones distintas de la ARN polimerasa III como como parte de transcripciones de la ARN polimerasa II, lo que sugiere funciones biológicas y refuta la noción de que son biológicamente no importantes. De hecho, se ha demostrado que los ARN de SINEs controlan el procesamiento del ARNm en varios niveles, tienen funciones regulatorias complejas como la represión transcripcional y la modulación del empalme alternativo, y causan una serie de enfermedades genéticas humanas. Los ARN de SINEs incrustados en las transcripciones de Pol II pueden promover la evolución y la diversidad del proteoma, lo que indica aún más que estos retroelementos móviles son en realidad joyas genómicas en lugar de basura genómica.
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