Los cromosomas homólogos suelen separarse en la entrada de la meiosis; cómo se emparejan es uno de los misterios sobresalientes del proceso meiótico. La reducción del espacio entre los homólogos hace posible la ocurrencia de interacciones cromosómicas que conducen a la detección de homología y la formación de bivalentes. En muchos organismos, se generan movimientos cromosómicos liderados por los telómeros que acercan a los homólogos. Movimientos adicionales producidos por cambios en la conformación de la cromatina al inicio de la meiosis también pueden facilitar los contactos homólogos. Los organismos utilizados en el estudio de la meiosis muestran una sorprendente variedad de estrategias para la detección de homología. En dípteros, los cromosomas homólogos permanecen emparejados durante la mayor parte del desarrollo. El emparejamiento parece surgir como un equilibrio entre genes promotores y supresores de emparejamiento. Algunos hong
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