Los factores bióticos y abióticos causan enormes pérdidas económicas y de rendimiento. Sin embargo, los endófitos pueden desempeñar un papel importante en la mejora de la tolerancia de las plantas. Los endófitos colonizan sistemáticamente diferentes partes del huésped, pero las plantas utilizan diversos mecanismos de defensa frente a la infección microbiana. Sin embargo, tienen que sobrevivir a los entornos oxidativos, y endofitos como Enterobacter sp. codifican superóxido dismutasas, catalasas e hidroperóxido reductasas para hacer frente al estrés oxidativo durante la colonización. Por el contrario, otros producen subtilomicina que se une a los flagelos para afectar a la defensa de las plantas inducida por flg22. El comportamiento de los endófitos puede verse afectado por diferentes genes en la actividad hidrolasa cuando entran en contacto con la planta huésped. El estilo de vida de los endófitos está influido por factores ambientales, el hospedador y los genotipos microbianos, así como por un desequilibrio en el intercambio de nutrientes entre el microbio y el hospedador. Por ejemplo, la inducción de PiAMT1 en el endófito radicular Piriformospora indica un agotamiento del nitrógeno que actúa como factor desencadenante de la activación del programa saprotrófico. Los microbios mejoran la resistencia a las enfermedades a través de la resistencia sistémica inducida (ISR), y Bacillus cereus desencadena ISR contra Botrytis cinerea a través de una acumulación de la proteína PR1 y activa la señalización MAPK y la expresión del gen WRKY53 por la vía de señalización JA/ET. Del mismo modo, Trichoderma arundinaceum produce tricodieno que afecta a Botrytis cinerea mediante la inducción de genes relacionados con la defensa que codifican el ácido salicílico (SA) y el jasmonato (JA). En general, los endófitos pueden desempeñar un papel vital en la gestión de enfermedades.
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