Resumen

La jatrofa (Jatropha curcas L.) es una especie de importancia económica con un gran potencial para la producción de biodiésel. Con el fin de enriquecer las bases de datos y los recursos genómicos de la jatropha para estudios en microgravedad, secuenciamos y anotamos el transcriptoma de la jatropha y desarrollamos marcadores SSR y SNP a partir de las secuencias del transcriptoma. En total, se generaron 1.714.433 lecturas brutas con una longitud media de 441,2 nucleótidos. El ensamblaje de novo y la agrupación dieron como resultado 115.611 secuencias ensambladas de forma única (UASs), incluyendo 21.418 cDNAs de longitud completa y 23.264 nuevas secuencias de transcripción de jatropha. Todo el conjunto de UASs fue completamente anotado, de los cuales 59.903 (51,81%) fueron asignados con la ontología de genes (GO) término, 12.584 (10,88%) tenían orthologs en Eukaryotic Orthologous Groups (KOG), y 8.822 (7,63%) se asignaron a 317 vías en seis categorías diferentes en Kyoto Enciclopedia de Genes y Genoma (KEGG) base de datos, y que contenía 3.588 factores de transcripción putativos. A partir de los UAS, se descubrieron 9.798 SSR, siendo AG/CT el tipo de motivo SSR más frecuente (45,8%). Además, se detectaron 38.693 SNP, de los que 7.584 permanecieron tras el filtrado. Este conjunto de UAS ha enriquecido las bases de datos genómicos actuales de la jatrofa y ha proporcionado un gran número de marcadores genéticos, que pueden facilitar la mejora genética de la jatrofa y muchos otros estudios genéticos y biológicos.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genética vegetal Genómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Plant genetics Genomics Computational biology
• Palabras claves:UASs, jatropha, bases de datos genómicas, nuevas secuencias de transcripción de jatropha, Grupos Ortólogos Eucariotas, Jatropha curcas L., tipo de motivo SSR, factores de transcripción putativos, De novo, Enciclopedia de Kyoto
• Keywords:UASs, jatropha, genomic databases, new jatropha transcript sequences, Eukaryotic Orthologous Groups, Jatropha curcas L., SSR motif type, putative transcription factors, De novo, Kyoto Encyclopedia