Resumen

El gran tamaño y la complejidad del genoma del guisante de huerta (Pisum sativum L.) dificultan su secuenciación y el descubrimiento de recursos genéticos del guisante. Aunque la secuenciación del transcriptoma proporciona amplia información sobre los genes expresados, algunos transcritos específicos de tejidos sólo pueden identificarse a partir de órganos concretos en condiciones adecuadas. En este estudio, realizamos la secuenciación del ARN de transcritos poliadenilados de nódulos jóvenes de guisante y puntas de raíz en un sistema Illumina GAIIx, seguido del ensamblaje de novo del transcriptoma utilizando el programa Trinity. Se obtuvieron más de 58.000 y 37.000 contigs de los ensamblajes "Nódulos" y "Puntas de raíz", respectivamente. La calidad de los ensamblajes se evaluó mediante comparación con las etiquetas de secuencia expresada del guisante y los datos del proyecto de secuenciación del transcriptoma disponibles en el sitio web del NCBI. El ensamblaje "Nódulos" se comparó con el ensamblaje "Puntas de la raíz" y con datos de secuenciación del transcriptoma del guisante procedentes de proyectos que indicaban especificidad tisular. Como resultado, se encontraron aproximadamente 13.000 contigs específicos de nódulos y se anotaron mediante alineación con secuencias codificantes de proteínas vegetales conocidas y mediante búsqueda en Gene Ontology. De éstas, 581 secuencias poseían CDS completas y, por tanto, podían considerarse nuevos transcritos específicos de nódulos de guisante. La información sobre las secuencias genéticas específicas de los nódulos del guisante puede aplicarse a la creación de marcadores genéticos, estudios de polimorfismo y PCR en tiempo real.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Proteómica Transcripción genética
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Proteomics Genetic transcription
• Palabras claves:Puntas de la raíz, transcritos específicos, ensamblaje de novo del transcriptoma, sistema Illumina GAIIx, Pisum sativum L., recursos génicos del guisante, secuencias génicas específicas, nódulos jóvenes del guisante, Nódulos, ensamblajes
• Keywords:Root Tips, specific transcripts, de novo transcriptome assembly, Illumina GAIIx system, Pisum sativum L., pea gene resources, specific gene sequences, young pea nodules, Nodules, assemblies