Se estableció con éxito un sistema de intercambio genético sin marcadores en la cepa Gö1 de Methanosarcina mazei utilizando el gen hpt que codifica la hipoxantina fosforibosiltransferasa. En primer lugar, se generó un mutante de deleción cromosómica del gen hpt que confiere resistencia al análogo de la purina 8-aza-2,6-diaminopurina (8-ADP). Se introdujo en esta cepa el vector de intercambio alélico no replicable (pRS345) que lleva el casete de resistencia a pac para la selección directa de la integración cromosómica, y el gen hpt para la contra-selección. Mediante un evento de pop-in y finalmente pop-out del plásmido del cromosoma, se habilita el intercambio alélico. Utilizando este sistema, hemos generado con éxito un mutante de deleción de M. mazei del gen que codifica el ARN no codificante regulador sRNA154. La caracterización de M. mazeiΔsRNA154 en condiciones de limitación de nitrógeno demostró la expresión diferencial de al menos tres proteínas citoplásmicas y la reducción del crecimiento, argumentando fuertemente un papel prominente de sRNA154 en la regulación de la fijación de nitrógeno por la regulación posttranscripcional.
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