Para aplicaciones a gran escala y estandarizadas en proteómica basada en espectrometría de masas (EM), la automatización de cada paso es esencial. Aquí presentamos soluciones de preparación de muestras de alto rendimiento para equilibrar la velocidad de las actuales adquisiciones de MS y el tiempo necesario para la preparación analítica de fluidos corporales. Los flujos de trabajo analizados reducen la complejidad de las muestras de fluidos corporales y son aplicables tanto a los experimentos de proteómica ascendente como a los enfoques de caracterización de proteínas descendentes. Se han automatizado varios métodos de preparación de muestras que implican la extracción en fase sólida (SPE), incluidas estrategias de enriquecimiento por afinidad. Las fracciones de péptidos y proteínas obtenidas pueden analizarse en masa mediante infusión directa en una fuente de ionización por electrospray (ESI) o mediante ionización por desorción láser asistida por matriz (MALDI) sin necesidad de separaciones por cromatografía líquida (LC), que requieren mucho tiempo.
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