La SUMOilación contribuye a la regulación de muchos factores celulares esenciales. Se han utilizado diversas técnicas para explorar las consecuencias funcionales de la SUMOilación de proteínas. La mayoría de los enfoques consideran la identificación de secuencias en sustratos, adaptadores o receptores que regulan la conjugación, el reconocimiento o la desconjugación de SUMO. La gran mayoría de las proteínas SUMOiladas estudiadas contienen la secuencia [IVL]KxE. Las proteínas SUMOiladas son reconocidas por al menos 3 tipos de motivos hidrofóbicos de interacción con SUMO (SIMs) que contribuyen a coordinar las funciones dependientes de SUMO. Normalmente, los SIMs están constituidos por un núcleo hidrofóbico flanqueado por uno o dos grupos de residuos de aminoácidos cargados negativamente. Múltiples SIMs pueden integrar dominios de unión a SUMO (SBDs), optimizando la unión y el control de los procesos dependientes de SUMO. Aquí, presentamos una encuesta de las metodologías utilizadas para estudiar las funciones reguladas por SUMO y proporcionamos directrices para la identificación de las secuencias cis y trans que controlan la SUMOilación. Además, un análisis integrador de sustratos de SUMO conocidos y putativos ilustra un panorama actualizado de varios eventos regulados por SUMO. Las estrategias y el análisis presentados aquí deberían contribuir a la comprensión de las funciones controladas por SUMO y proporcionar un enfoque racional para identificar biomarcadores o elegir posibles objetivos para la intervención en procesos en los que la SUMOilación desempeña un papel crítico.
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