Resumen

Comprender los principios generales que subyacen a la regulación genética en eucariotas es una tarea incompleta y difícil. La falta de información experimental sobre la regulación de todo el conjunto de factores de transcripción y sus dianas en distintos tipos celulares es una de las principales razones de este carácter incompleto. Hasta el momento, existe un pequeño conjunto de interacciones curadas conocidas entre los factores de transcripción y sus genes descendentes. Aquí construimos una red de factores de transcripción para células mieloides monocíticas humanas THP-1 basada en la base de datos FANTOM4 curada experimentalmente, donde los nodos son genes y las interacciones experimentales corresponden a enlaces. Presentamos los parámetros topológicos que definen la red, así como algunas características estructurales globales, e introducimos un parámetro de influencia relativa para cuantificar la relevancia de un factor de transcripción en el contexto de la inducción de un fenotipo. Genes como ZHX2, ADNP o SMAD6 parecen estar altamente regulados para evitar un evento de transcripción en avalancha. Comparamos estos resultados con los de RegulonDB, una red transcripcional altamente curada para el organismo procariota E. coli, encontrando similitudes entre los sellos generales de ambos programas transcripcionales. Creemos que un enfoque como el que aquí se muestra podría ayudar a comprender la regulación de la transcripción en células eucariotas.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genética vegetal Genómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Plant genetics Genomics Computational biology
• Palabras claves:factores de transcripción, organismo procariota E. coli, evento de transcripción en avalancha, diferentes tipos celulares, características estructurales globales, monocitos humanos THP-1, parámetro de inuencia relativa, red de factores de transcripción, regulación, base de datos FANTOM4
• Keywords:transcription factors, prokaryotic organism E. coli, avalanche transcription event, different cell types, global structural features, human monocytic THP-1, relative inuence parameter, transcription factor network, regulation, FANTOM4 database