En América existen hasta 9 especies descritas de mariposas Junonia, pero las autoridades no se ponen de acuerdo debido a las similitudes entre especies, la variabilidad geográfica y estacional y la posible hibridación. Se discute si las Junonia del Caribe son conespecíficas de las especies sudamericanas. Se estudiaron los códigos de barras de la citocromo oxidasa I (COI), las secuencias sin alas (wg) y las huellas dactilares amplificadas aleatoriamente (RAF) para revelar la estructura de la población de Junonia en la Guayana Francesa, Guadalupe, Martinica y Argentina. El análisis filogenético de la COI recuperó 2 grupos de haplotipos, pero la mayoría de las especies de Junonia pueden tener cualquiera de los dos haplotipos, por lo que los códigos de barras de la COI son ambiguos. El análisis de los alelos nucleares sin alas reveló patrones geográficos pero no identificó especies de Junonia. El genotipado nuclear RAF distinguió 11 poblaciones de Junonia organizadas en 3 clusters. El flujo genético se produce dentro de los conglomerados, pero es limitado entre ellos. Un conglomerado incluía todas las muestras argentinas. Dos conglomerados incluían muestras de Guayana Francesa, Martinica y Guadalupe y parecen estar divididos por el uso de plantas hospedadoras de larvas (Lamiales frente a Scrophulariales). Muchos taxones de Junonia se distribuyeron entre las poblaciones, posiblemente reflejando patrones de intercambio genético. Tuvimos dificultades para distinguir entre las formas caribeñas J. zonalis y J. neildi, pero demostramos que las Junonia caribeñas son genéticamente distintas de las sudamericanas J. evarete y J. genoveva, lo que apoya la hipótesis taxonómica de que son heteroespecíficas.
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