Se necesitan directrices para desarrollar procedimientos adecuados de análisis estadístico y seleccionar modelos apropiados de estructuras de covarianza en respuesta a la variación temporal esperada en experimentos a largo plazo. Se utilizó el rendimiento acumulado, su varianza temporal y el coeficiente de variación para estimar y describir las estructuras de covarianza en sistemas de cultivo convencionales y ecológicos de un experimento de campo a largo plazo en un diseño de bloques completos aleatorizados. Una base de datos de 8 años sobre 16 tratamientos (sistemas de cultivo convencionales y orgánicos, rotaciones de cultivos y labranza) fue sometida a análisis multivariados geoestadísticos, de estructura de covarianza, de componentes de varianza y de medidas repetidas, utilizando seis modelos de covarianza bajo máxima verosimilitud restringida. La acumulación diferencial de los efectos acumulativos debida a la repetición de las rotaciones de cultivos a lo largo del tiempo se demostró mediante la disminución de las varianzas estructuradas y no estructuradas y el aumento de las estimaciones de rango en los análisis geoestadísticos. La magnitud y la dirección de las relaciones entre el rendimiento acumulado y su varianza temporal, así como el coeficiente de variación, configuraron las estructuras de covarianza de ambos sistemas de cultivo, las rotaciones de cultivos y las fases dentro de las rotaciones de cultivos, y dieron lugar a desviaciones significativas de las prácticas de gestión ecológica con respecto a sus homólogas convencionales. El modelo de covarianza no estructurado fue el que mejor se ajustó a la mayoría de las combinaciones factor-variable; fue el más flexible, pero el más costoso en términos de tiempo de cálculo y número de parámetros estimados.
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