Resumen

Hemos descubierto previamente que las sondas que contienen tramos de cuatro o más guaninas contiguas no son fiables para medir la expresión génica en los datos del HG_U133A Affymetrix GeneChip Humano. Estas sondas no están correlacionadas con otros miembros de su conjunto de sondas, pero sí entre sí. Ahora ampliamos nuestro análisis a diferentes diseños de 3′ GeneChip de ratón, rata y humano. Encontramos que, en todos estos diseños de chip, las sondas G-stack (sondas con una serie de exactamente cuatro guaninas consecutivas) están altamente correlacionadas entre sí, lo que indica que dichas sondas no son medidas fiables de la expresión génica en estudios de mamíferos. Además, no existe una posición específica de la pila G en la que la correlación sea mayor en todos los chips. También descubrimos que los últimos diseños de chips de rata y ratón tienen significativamente menos sondas G-stack en comparación con sus predecesores, mientras que no se ha producido una reducción similar en la densidad G-stack a través de los cambios en los chips humanos. Además, encontramos cambios significativos en los valores de RMA (tras eliminar las sondas G-stack) a medida que aumenta el número de sondas G-stack.

• Materias:Pliegue de Proteína Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) Ácidos nucleicos Reparación del ADN Daño del ADN
• Subjects:Protein Folding Polymerase chain reaction Nucleic acids DNA Repair DNA Damage
• Palabras claves:sondas apiladas, expresión génica, datos de genechip affymetrix hg_u133a humano, aumentos de sondas apiladas, sondas, rata, diseños de genechip, valores rma, diseños de chip, guaninas consecutivas
• Keywords:stack probes, gene expression, human hg_u133a affymetrix genechip data, stack probes increases, probes, rat, genechip designs, rma values, chip designs, consecutive guanines