El análisis filogenético del virus de la encefalitis japonesa (JEV) se realizó utilizando datos de secuencias de genes de núcleo-prenmembrana y envoltura de dos cepas de Vientiane, República Democrática Popular Lao, en 1993, y cinco de Okinawa, Japón, en 2002 y 2003, y cepas previamente publicadas. Las dos cepas de Vientiane designadas como LaVS56 y LaVS145 pertenecían al genotipo 1 (G1) y al mismo subgrupo de G1 que la cepa australiana en 2000, las cepas tailandesas en 1982-1985 y 2004-2005, y la cepa vietnamita en 2005, pero eran distintas del subgrupo de cepas G1 de distribución reciente en Asia, incluidas las cepas de Okinawa y la cepa lao reciente en 2009. Estos grupos con sus propias distribuciones distintas indicaron la participación de diferentes mecanismos y rutas de propagación de virus
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