Las propiedades de unión al ADN de doble cadena (ds-DNA) de irinotecán (CPT-11), incluyendo la constante de unión, parámetros termodinámicos y desnaturalización térmica (), han sido estudiadas sistemáticamente mediante métodos espectrofotométricos. La unión de CPT-11 al ds-DNA es bastante fuerte, como lo indica su notable hipocromicidad y constante de unión en equilibrio (). El gráfico de van't Hoff de 1/ versus ln sugiere que el CPT-11 se une de manera endotérmica al ct-DNA, lo que se caracteriza por grandes cambios positivos en entalpía y entropía. Según la teoría de polielectrolitos, la liberación de carga (), cuando el ct-DNA interactúa con el CPT-11, es +0,98, lo que corresponde muy bien a la carga positiva que lleva el CPT-11. El a baja concentración de sal está dominado por interacciones electrostáticas (98,5%), mientras que a alta concentración de
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