Resumen

Vpr es una proteína accesoria del VIH-1 que desempeña numerosas funciones durante la replicación viral, y algunas de las cuales dependen del tipo de célula. Para probar la hipótesis de que el tropismo del VIH-1 se extiende más allá de la envoltura hasta el gen vpr, se realizaron estudios para identificar las asociaciones entre el uso de coreceptores y la variación de Vpr en pacientes infectados por el VIH-1. Se obtuvieron secuencias colineales de aminoácidos de Env-V3 y Vpr del VIH-1 de la base de datos de secuencias del VIH-1 de LANL y de pacientes bien suprimidos de la cohorte Drexel/Temple Medicine CNS AIDS Research and Eradication Study (CARES). La clasificación genotípica de las secuencias Env-V3 como X4 (CXCR4-utilizing) o R5 (CCR5-utilizing) se utilizó para agrupar secuencias Vpr colineales. Para revelar las secuencias asociadas con un genotipo específico de uso de coreceptor, se evaluaron las secuencias de aminoácidos Vpr para determinar la diversidad de aminoácidos y la divergencia Jensen-Shannon entre los dos grupos. Se utilizaron cinco alfabetos de aminoácidos para examinar exhaustivamente el impacto de las sustituciones de aminoácidos que implican cadenas laterales con propiedades fisicoquímicas similares. Las posiciones 36, 37, 41, 89 y 96 de Vpr se caracterizaron por una divergencia estadísticamente significativa a través de múltiples alfabetos cuando se compararon los grupos de secuencias X4 y R5. Además, se encontraron cambios de aminoácidos consenso en las posiciones 37 y 41 en las comparaciones de las poblaciones de secuencias R5 y X4. Estos resultados sugieren un vínculo evolutivo entre Vpr y gp120 en pacientes infectados por el VIH-1.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genética vegetal Genómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Plant genetics Genomics Computational biology
• Palabras claves:Secuencias de aminoácidos Vpr, Vpr, pacientes, Temple Medicine CNS AIDS Research, cambios de aminoácidos de consenso, secuencias Vpr colineales de grupo, genotipo específico de uso del coreceptor, Colinear HIV-1 Env, grupos de secuencias R5, poblaciones de secuencias X4
• Keywords:Vpr amino acid sequences, Vpr, patients, Temple Medicine CNS AIDS Research, consensus amino acid switches, group colinear Vpr sequences, specific coreceptor usage genotype, Colinear HIV-1 Env, R5 sequence groups, X4 sequence populations