Resumen

El uso secundario de datos procedentes de historias clínicas electrónicas se ha convertido en un factor importante para determinar e identificar diversas causas de enfermedad. Por este motivo, aplicaciones como la informática para la integración de la biología y la cabecera del paciente (i2b2) ofrecen una interfaz gráfica de usuario para seleccionar cohortes de pacientes. Sin embargo, para utilizar estas herramientas es necesario extraer los datos clínicos del sistema de historia clínica electrónica (HCE) e integrarlos en el esquema de datos de i2b2. Utilizamos TBase, un sistema de documentación para trasplantes nefrológicos, como sistema fuente y aplicamos el Integrated Data Repository Toolkit (IDRT) para el proceso de extracción, transformación y carga (ETL) para cargar los datos en i2b2. Dado que i2b2 utiliza un esquema entidad-atributo-valor (EAV), que es una forma fundamentalmente diferente de modelar datos en comparación con un esquema relacional estándar en TBase, evaluamos si (a) la relación de datos de las entidades del sistema fuente puede seguir representándose en el esquema i2b2 y si (b) el IDRT es una solución adecuada para cargar los datos de un esquema de datos completo como TBase en i2b2. Para ello, identificamos las entidades del esquema de datos TBase que eran pertinentes para responder a las preguntas sobre la identificación de cohortes. Al hacerlo, descubrimos que las entidades tenían estructuras diferentes que debían tratarse de forma distinta para el proceso ETL. Además, el uso de IDRT reveló deficiencias con respecto a los grandes datos de entrada y las estructuras de datos específicas que forman parte de la mayoría de los sistemas modernos de HCE. Sin embargo, este proyecto también demostró que nuestra forma de modelar los datos de TBase en i2b2 ha dado buenos resultados a la hora de responder a las preguntas más habituales de los médicos sobre la identificación de cohortes.

• Materias:Análisis de espectro Organización modular Diagnóstico automatizado Monitoreo Servicios de salud
• Subjects:Spectrum analysis Modular organization Automated diagnostics Monitoring Health services
• Palabras claves:i2b2, datos, IDRT, TBase, identificación de cohortes, Integrated Data Repository Toolkit, sistemas de HCE más modernos, historia clínica electrónica, esquema de datos TBase, esquema de datos exhaustivo
• Keywords:i2b2, data, IDRT, TBase, cohort identification, Integrated Data Repository Toolkit, most modern EHR systems, Electronic Health Record, TBase data schema, comprehensive data schema