Resumen

El empalme preciso y eficiente es de crucial importancia para los genes que contienen intrones altamente transcritos (ICGs) en eucariotas unicelulares de replicación rápida como la levadura en ciernes Saccharomyces cerevisiae. Caracterizamos los sitios de empalme 5′ y 3′ (ss) por puntuaciones de matriz de peso de posición (PWMSs), que es la más alta para la secuencia consenso y la más baja para los sitios de empalme que difieren más de la secuencia consenso y utilizamos PWMS como un proxy para la fuerza de empalme. HAC1, que se sabe que se empalma por un mecanismo nonspliceosomal, tiene el PWMS más negativo tanto para su 5′ ss y 3′ ss. Varios genes bajo fuerte regulación de splicing y que requieren factores de splicing adicionales para su splicing también tienen valores de PWMS pequeños o negativos. La fuerza de empalme es mayor para los GCI altamente transcritos que para los GCI poco transcritos y mayor para los transcritos que se unen fuertemente a los espliceosomas que para los que se unen débilmente. El sitio de empalme 3′ presenta un tracto poly-U prominente antes del 3′AG. Nuestros resultados sugieren el potencial del uso de PWMS como herramienta de cribado para ICGs que son empalmados por un mecanismo no espliceosómico o bajo una fuerte regulación de empalme en levaduras y otras especies fúngicas.

• Materias:Genes Genética Molecular Ácido ribonucleico (ARN) Genoma Proteómica
• Subjects:Genes Molecular Genetic Ribonucleic acid (RNA) genome Proteomics
• Palabras claves:fuerte regulación del empalme, ICGs, secuencia consenso, sitios de empalme, puntuaciones de la matriz de peso de posición, factores de empalme adicionales, valores PWMS negativos, otras especies fúngicas, levadura Saccharomyces cerevisiae, PWMS
• Keywords:strong splicing regulation, ICGs, consensus sequence, splice sites, position weight matrix scores, additional splicing factors, negative PWMS values, other fungal species, yeast Saccharomyces cerevisiae, PWMS