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Joint Nonnegative Matrix Factorization Based on Sparse and Graph Laplacian Regularization for Clustering and Co-Differential Expression Genes AnalysisFactorización de matrices no negativas conjunta basada en regularización dispersa y del Laplaciano de grafos para el análisis de agrupamiento y de genes de expresión codiferencial.

Resumen

La explosión de datos multiómicos plantea nuevos desafíos a los métodos existentes de minería de datos. El análisis conjunto de datos multiómicos puede aprovechar al máximo la información complementaria proporcionada por diferentes tipos de datos. Por lo tanto, pueden explorar de manera más precisa el mecanismo biológico de las enfermedades. En este artículo, se proponen dos formas de factorización matricial no negativa conjunta basadas en regularización dispersa y del Laplaciano de grafo (SG-jNMF). En el método, la restricción de regularización del grafo puede preservar la estructura geométrica local de los datos. La regularización -norma puede mejorar la dispersión entre las filas y eliminar las características redundantes en los datos. En primer lugar, SG-jNMF1 proyecta datos multiómicos en un subespacio común y aplica la matriz característica de fusión multiómica para extraer la información importante relacionada estrechamente con las enfermedades. En segundo lugar, los datos multiómicos de la misma enfermedad se mapean en el espacio de muestra común mediante SG-jN

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