Resumen

Los ARN circulares (circARN) se forman uniendo los extremos 3′ y 5′ de moléculas de ARN. La identificación de circRNAs es una parte importante de la investigación de circRNAs. Los métodos de predicción de circRNAs pueden predecir los circRNAs con posiciones de inicio y fin en el cromosoma pero no pueden identificar las secuencias de circRNAs de longitud completa. Presentamos un paquete R FcircSEC (Full Length circRNA Sequence Extraction and Classification) para extraer las secuencias circRNA de longitud completa basadas en la anotación de genes y la salida de cualquier herramienta de predicción circRNA cuya salida tiene un cromosoma, posiciones de inicio y fin, y una cadena para cada circRNA. Para validar FcircSEC, hemos utilizado tres bases de datos, circbase, circRNAdb y plantcircbase. Con información como el cromosoma y la cadena de cada circRNA como entrada, las secuencias identificadas por FcircSEC son consistentes con las bases de datos. La novedad de FcircSEC es que puede tomar como entrada los resultados de las herramientas de predicción de circARN más avanzadas y es aplicable a humanos y otras especies. También clasificamos los circRNAs como exónicos, intrónicos y otros. El paquete R FcircSEC está disponible gratuitamente.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genómica Inestabilidad genómica Polimorfismo genético
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Genomics Genomic instability Genetic polymorphism
• Palabras claves:Paquete R FcircSEC, circRNAs, FcircSEC, cromosoma, salida, secuencias, posiciones finales, Full Length circRNA Sequence Extraction, herramientas de predicción de circRNAs de última generación, métodos de predicción de circRNAs.
• Keywords:R package FcircSEC, circRNAs, FcircSEC, chromosome, output, sequences, end positions, Full Length circRNA Sequence Extraction, art circRNA prediction tools, circRNA prediction methods