Hemos investigado la diversificación genética de la hormiga de montaña Myrmica kotokui en los Alpes japoneses mediante análisis filogenéticos moleculares. Myrmica kotokui está ampliamente distribuida en Japón, y en la zona central de los Alpes japoneses sólo se encuentra entre los 1.000 y los 2.000 m de altitud. Nuestra hipótesis es que clados genéticamente distintos de esta especie de hormiga podrían habitar en diferentes cordilleras del centro de Japón. Para probar esta hipótesis, reconstruimos una filogenia molecular utilizando las secuencias de ADN del gen mitocondrial de la citocromo oxidasa I y del gen nuclear de la rodopsina de longitud de onda larga de especímenes de M. kotokui recolectados en seis cordilleras de los Alpes japoneses. La filogenia mostró cuatro clados altamente diferenciados. Sin embargo, la correspondencia entre los clados y las especies morfológicas era un poco confusa. Dos clados estaban compuestos únicamente por especímenes de M. kotokui, mientras que los otros dos clados estaban compuestos por multiespecies, lo que sugiere la posibilidad de una composición multiespecie del M. kotokui putativo. El patrón de distribución de estos clados no apoyaba nuestra hipótesis de diferenciación geográfica, porque dos estaban distribuidos en todas las áreas de distribución, y un tercero estaba distribuido en cinco de las seis áreas de distribución. Por otro lado, encontramos un patrón en la distribución altitudinal de los clados: un clado se distribuyó sólo en elevaciones más altas, y los otros se distribuyeron en elevaciones más bajas. Así pues, los clados de hormigas no muestran segregación geográfica por cordillera, pero sí diferencias altitudinales.
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