La extrema concentración de biodiversidad marina y la explotación de los recursos marinos en el Triángulo de Coral plantean retos a los biogeógrafos y gestores de recursos. La filogeografía comparada ofrece una poderosa herramienta para poner a prueba las hipótesis biogeográficas evocadas para explicar la riqueza de especies en el Triángulo de Coral. También puede utilizarse para delimitar unidades de gestión de los recursos marinos. Tras aproximadamente una década de estudios filogeográficos, están surgiendo patrones para el Triángulo de Coral. La amplia conectividad en algunas especies apoya la noción de que las larvas han mantenido el flujo genético entre poblaciones distantes durante largos periodos. Otros patrones filogeográficos sugieren sucesos vicariantes resultantes de las fluctuaciones del nivel del mar del Pleistoceno, que, al menos ocasionalmente, han dado lugar a especiación. Las fechas de divergencia que se remontan al Mioceno sugieren que los cambios en la configuración terrestre pueden haber precipitado una explosión de diversificación de especies. Una síntesis de los estudios filogeográficos marinos revela patrones repetidos que corroboran los procesos biogeográficos hipotetizados y sugieren mejores esquemas de gestión de los recursos marinos.
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