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Genetic Geostatistical Framework for Spatial Analysis of Fine-Scale Genetic Heterogeneity in Modern Populations: Results from the KORA StudyGenetic Geostatistical Framework for Spatial Analysis of Fine-Scale Genetic Heterogeneity in Modern Populations: Resultados del estudio KORA

Resumen

Con el objetivo de investigar patrones de heterogeneidad genética a pequeña escala en humanos modernos desde una perspectiva geográfica, se presenta un enfoque geoestadístico genético enmarcado en un sistema de información geográfica. Se analizó una muestra recogida para estudios prospectivos en una pequeña zona del sur de Alemania. En análisis anteriores no se detectó ningún indicio de heterogeneidad genética. Se analizaron datos sociodemográficos y genotípicos de ciudadanos alemanes (212 SNPs; n=728). La heterogeneidad genética se evaluó con la heterocigosidad observada (HO). Se identificaron los modelos autorregresivos espaciales más adecuados, utilizando variables sociodemográficas como covariables. El análisis espacial incluyó interpolación de superficies y geoestadística de patrones observados y predichos. Se cuantificó la precisión de la predicción. Se detectó autocorrelación espacial tanto para las variables sociodemográficas como para las genéticas. La ciudad de Augsburgo y las zonas suburbanas del este mostraron valores de HO más elevados. El modelo seleccionado ofreció las mejores predicciones en las zonas suburbanas. Se observaron patrones de heterogeneidad genética a pequeña escala. De acuerdo con la literatura, las zonas más urbanizadas mostraron mayores niveles de mezcla. Este enfoque demostró su eficacia para detectar y analizar patrones sutiles de heterogeneidad genética dentro de áreas pequeñas. Es escalable en número de loci, incluso hasta el análisis del genoma completo. Se puede sugerir que este enfoque puede ser aplicable para investigar la historia genética subyacente que está, al menos parcialmente, incrustada en los datos geográficos.

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Información del documento

  • Titulo:Genetic Geostatistical Framework for Spatial Analysis of Fine-Scale Genetic Heterogeneity in Modern Populations: Results from the KORA Study
  • Autor:A. N., Diaz-Lacava; M., Walier; D., Holler; M., Steffens; C., Gieger; C., Furlanello; C., Lamina; H. E., Wichmann; T., Becker
  • Tipo:Artículo
  • Año:2015
  • Idioma:Inglés
  • Editor:Hindawi Publishing Corporation
  • Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Proteómica Transcripción genética
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