Hasta hace poco, los parásitos apicomplexanos Cryptosporidium hominis y C. parvum se consideraban de la misma especie. Sin embargo, los dos parásitos, que ahora se consideran especies distintas, presentan diferencias significativas en cuanto a gama de hospedadores, infectividad y patogenicidad, y sus genomas secuenciados muestran sólo un 95-97% de identidad. La disponibilidad de las secuencias genómicas completas de estos organismos ofrece la posibilidad de identificar las variaciones genéticas responsables de las diferencias fenotípicas entre los dos parásitos. Hemos comparado la organización y estructura del genoma, la composición génica, las vías metabólicas y de otro tipo, y la identidad de secuencia local entre los genes de estas dos especies de Cryptosporidium. Nuestras observaciones muestran que las diferencias fenotípicas entre C. hominis y C. parvum no se deben a grandes reordenamientos del genoma, alteraciones estructurales, deleciones o inserciones de genes, capacidades metabólicas u otras alteraciones genómicas obvias. Más bien, los resultados indican que estos genomas presentan una notable conservación estructural y composicional y sugieren que las diferencias fenotípicas observadas se deben a sutiles variaciones en las secuencias de proteínas que actúan en la interfaz entre el parásito y su huésped.
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