Muchas proteínas arqueas sufren modificaciones postraduccionales. Las proteínas de la capa S y las flagelinas se han utilizado con éxito para estudiar una variedad de estas modificaciones, incluyendo la glicosilación ligada al N, la eliminación del péptido señal y la modificación de los lípidos. El uso de estas proteínas reporteras bien caracterizadas en los organismos modelo genéticamente manejables, Haloferax volcanii, Methanococcus voltae y Methanococcus maripaludis, ha permitido diseccionar las vías y caracterizar muchas de las enzimas responsables de estas modificaciones. Estos estudios han identificado variaciones específicas de las arqueas en la actividad de las peptidasas de señal que no se encuentran en otros dominios de la vida, así como las enzimas responsables del ensamblaje y la biosíntesis de nuevos glicanos ligados al N. Ya se han desarrollado ensayos in vitro para algunas de estas enzimas. La glicosilación ligada a N no es esencial ni para Hfx. volcanii ni para las especies de Methanococcus, una observación que permitió a los investigadores analizar el papel que desempeña la glicosilación en la función tanto de las capas S como de las flagelinas, generando mutantes que poseen estos reporteros con glicanos adheridos sólo parcialmente o que carecen de ellos por completo. En futuros estudios, será posible considerar cuestiones relacionadas con la heterogeneidad asociada a determinadas modificaciones, como la glicosilación diferencial o modulada.
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