Resumen

Basándonos en la observación de que las superficies de energía potencial de tipo Ramachandran de unidades de aminoácidos individuales en agua concuerdan bien con las estructuras estadísticas de los residuos de aminoácidos correspondientes en proteínas, hemos desarrollado recientemente un nuevo campo de fuerza de todos los átomos denominado SAAP, en el que la función de energía total para un polipéptido se expresa básicamente como una suma de potenciales de aminoácidos individuales (ESAAP) y potenciales electrostáticos (EES) y de Lennard-Jones (ELJ) entre las unidades de aminoácidos. En este estudio, se mejoraron los parámetros del campo de fuerza SAAP (SAAPFF) y se llevó a cabo una simulación canónica clásica de Monte Carlo (MC) para modelos de péptidos cortos, es decir, Met-encefalina y chignolina, a 300 K en un modelo de agua implícito. Se obtuvieron diversas estructuras razonables para la Met-encefalina, mientras que para la chignolina se obtuvieron tres estructuras plegadas, una de las cuales corresponde a una estructura de tipo nativo con tres enlaces de hidrógeno nativos. Los resultados sugieren que el método SAAP-MC es útil para el muestreo conformacional de los péptidos cortos. Un protocolo de simulación SAAP-MC seguido de agrupación estructural y examen de las estructuras obtenidas mediante cálculo ab initio o simplemente por el número de enlaces de hidrógeno (o la dureza) demostró ser una estrategia eficaz para la predicción de estructuras de moléculas peptídicas cortas.

• Materias:Reacciones químicas Biología molecular Química farmacéutica Química analítica Química de los alimentos
• Subjects:Chemical reactions Molecular biology Chemistry pharmaceutical Analytical chemistry Food chemistry
• Palabras claves:saap, monte carlo canónico clásico, residuos de aminoácidos correspondientes, potenciales de aminoácidos individuales, unidades de aminoácidos individuales, campo de fuerza saap, unidades de aminoácidos, campo de fuerza de átomos, modelo de agua implícito, enlaces de hidrógeno nativos.
• Keywords:saap, classical canonical monte carlo, corresponding amino acid residues, single amino acid potentials, single amino acid units, saap force field, amino acid units, atom force field, implicit water model, native hydrogen bonds