Resumen

Las arqueas están muy extendidas en entornos extremos y templados, y sus representantes cultivados cubren un amplio espectro de capacidades metabólicas, lo que las prepara para desempeñar funciones potencialmente importantes en la biogeoquímica de sus ecosistemas. La detección, caracterización y cuantificación de las funciones de las arqueas en las comunidades mixtas requiere cebadores o sondas específicos para los genes metabólicos correspondientes. Se diseñaron cinco pares de cebadores degenerados para dirigirse a los genes de las arqueas que codifican las enzimas clave del ciclo del nitrógeno: las nitrito reductasas NirA y NirB, la óxido nitroso reductasa (NosZ), la nitrogenasa reductasa (NifH) y las nitrato reductasas NapA/NarG. Se evaluaron in silico e in vitro la sensibilidad hacia su gen objetivo arqueológico, la especificidad filogenética y la especificidad génica. Debido a su moderada sensibilidad/cobertura, los nuevos cebadores dirigidos a nirB son adecuados únicamente para estudios de cultivos puros. Los cebadores dirigidos a nirA mostraron suficiente sensibilidad y especificidad filogenética, pero poca especificidad génica. Los cebadores diseñados para la amplificación de la nosZ de las arqueas obtuvieron buenos resultados en los tres criterios; su discriminación frente a los homólogos bacterianos parece debilitarse cuando las arqueas están muy superadas por las bacterias en una comunidad mixta. Los nuevos cebadores dirigidos a nifH mostraron una alta sensibilidad y especificidad génica, pero no lograron discriminar los homólogos bacterianos. A pesar de las limitaciones, 4 de los nuevos pares de cebadores son herramientas adecuadas en varios métodos moleculares aplicados en la ecología de las arqueas.

• Materias:Células Minería Rellenos sanitarios Arqueas metanogénico
• Subjects:Cells Mining Landfills Archeas methanogenic
• Palabras claves:cebador dirigido, homólogos bacterianos, especificidad génica, comunidad mixta, especificidad filogenética, par de degenerados, nitrito reductasa nira, nitrato reductasa napa, poca especificidad génica, varios métodos moleculares
• Keywords:targeted primer, bacterial homologs, gene specificity, mixed community, phylogenetic specificity, pair of degenerate, nitrite reductase nira, nitrate reductase napa, poor gene specificity, several molecular methods