Resumen

Cada vez hay más pruebas de que varios genes funcionales con expresión alterada intervienen en la progresión tumoral de los cánceres humanos. El objetivo de este estudio es identificar nuevos genes clave que puedan utilizarse para el diagnóstico, el pronóstico y la terapia dirigida del carcinoma hepatocelular (CHC). Este estudio incluyó 3 perfiles de expresión (GSE45267, GSE74656 y GSE84402), que se obtuvieron del Gene Expression Omnibus (GEO). Se utilizó GEO2R para analizar los genes expresados diferencialmente (DEG) entre el CHC y las muestras normales. El análisis de enriquecimiento funcional y de vías se realizó mediante la base de datos Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery. Se construyó una red de interacción proteína-proteína (PPI) de los DEG identificados mediante la herramienta Search Tool for the Retrieval of Interacting Gene, y se identificaron los genes centrales. Se utilizaron las bases de datos ONCOMINE y CCLE para verificar la expresión de los genes centrales en células y tejidos de CHC. Se utilizó el trazador de Kaplan-Meier para evaluar los efectos de los genes concentradores en la supervivencia global de los pacientes con CHC. Se identificó un total de 99 DEG a partir de los 3 perfiles de expresión. Estos DEG estaban enriquecidos con procesos funcionales y vías relacionadas con la patogénesis del CHC. A partir de la red PPI, se identificaron 5 genes centrales. La expresión de los 5 genes centrales aumentó en los tejidos y células de CHC en comparación con los tejidos y células de control. Las curvas de supervivencia de Kaplan-Meier indicaron que la expresión elevada de la quinasa dependiente de ciclina (CDK1), la ciclina B1 (CCNB1), la ciclina B2 (CCNB2), MAD2 (MAD2L1) y la topoisomerasa IIα (TOP2A) predecían una supervivencia global deficiente en pacientes con CHC (todos los rangos logarítmicos P<0,01). Estos resultados revelaron que los DEG pueden servir como genes clave candidatos durante la patogénesis del CHC. Los 5 genes clave, incluyendo CDK1, CCNB1, CCNB2, MAD2L1, y TOP2A, pueden servir como prometedores biomarcadores de pronóstico en HCC.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genética vegetal Genómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Plant genetics Genomics Computational biology
• Palabras claves:hub genes, DEGs, HCC, células, patogénesis HCC, pacientes HCC, tejidos HCC, perfiles de expresión, Gene Expression Omnibus, MAD2 detención mitótica
• Keywords:hub genes, DEGs, HCC, cells, HCC pathogenesis, HCC patients, HCC tissues, expression profiles, Gene Expression Omnibus, MAD2 mitotic arrest