Resumen

Las tecnologías de secuenciación de próxima generación (NGS) se han utilizado para generar enormes cantidades de datos de secuenciación de muchos organismos. Sin embargo, la correcta elección de los genes candidatos y la prevención de resultados falsos positivos calculados a partir de la expresión génica digital (GED) de los datos de ARN-seq son vitales a la hora de utilizar estos recursos genéticos. Identificamos indirectamente 18 transcritos de Reaumuria trigyna inducidos por el estrés salino a partir de los datos de secuenciación del transcriptoma mediante PCR de transcripción inversa con visualización diferencial (DDRT-PCR) combinada con búsquedas BLAST locales. En consonancia con los resultados DGE, los patrones de expresión cuantitativa en tiempo real PCR de estos transcritos mostraron una fuerte regulación al alza por el estrés salino, lo que sugiere que estos genes pueden desempeñar un papel importante en la supervivencia de R. trigyna en ambientes de alta salinidad. El método presentado aquí identificó con éxito los genes sensibles a partir de la enorme cantidad de datos de ARN-seq. Por lo tanto, sugerimos que la DDRT-PCR podría ser empleada para extraer datos NGS en una amplia gama de aplicaciones en estudios transcriptómicos. Además, los genes identificados en el presente estudio son candidatos prometedores para una mayor elucidación de los mecanismos de tolerancia a la sal en R. trigyna.

• Materias:Genes Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Polimorfismo genético
• Subjects:Genes Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Genetic polymorphism
• Palabras claves:R. trigyna, datos seq, mostrar transcripción inversa PCR, patrones de expresión PCR en el tiempo, transcripciones de Reaumuria trigyna, expresión génica digital, búsquedas BLAST locales, minar datos NGS, mecanismos de tolerancia a la sal, DDRT
• Keywords:R. trigyna, seq data, display reverse transcription PCR, time PCR expression patterns, Reaumuria trigyna transcripts, digital gene expression, local BLAST searches, mine NGS data, salt tolerance mechanisms, DDRT