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Identification of Lutzomyia longipalpis Odorant Binding Protein Modulators by Comparative Modeling, Hierarchical Virtual Screening, and Molecular DynamicsIdentificación de moduladores de la proteína de unión a odorantes de Lutzomyia longipalpis mediante modelado comparativo, cribado virtual jerárquico y dinámica molecular

Resumen

La leishmaniasis visceral (LV) es la segunda enfermedad transmitida por vectores más importante del mundo. En América es transmitida por Lutzomyia longipalpis, por lo que el control del vector es esencial para prevenir la enfermedad, especialmente mediante trampas con atrayentes químicos. Se sabe que las proteínas de unión a odorantes (OBP) actúan en el primer nivel de selección de olores, por lo que se utilizó metodología in silico para identificar moduladores químicos putativos del vector basados en OBP sobre estructuras de ligandos conocidas. Por lo tanto, se predijeron estructuras 3D de las OBP de L. longipalpis mediante diferentes métodos de modelado comparativo. El mejor modelo se sometió a estudios de dinámica molecular. A continuación, un método jerárquico de cribado virtual filtró compuestos similares a moduladores de OBP de la base de datos biogénica ZINC12 en el espacio químico global, utilizando componentes principales del servidor ChemGPS-NP. Dichos compuestos se evaluaron y clasificaron según su afinidad con el sitio ortostérico de la OBP mediante acoplamiento molecular en DOCK 6.7. Los compuestos se puntuaron mediante el método de cuadrícula (Grid). Los compuestos se puntuaron mediante la función Grid Score y se analizaron las interacciones de los complejos intermoleculares de las cinco posturas mejor clasificadas en el servidor PLIP. La mayoría de los ligandos en la parte superior de la clasificación eran lisofosfolípidos, que potencialmente podrían interactuar con el bolsillo hidrofóbico OBP a través de Phe72, Tyr76, Ile79, Ala87, Lys88, Asp92, Phe61, Leu75, Trp113, His120, y Phe122 residuos y H-bonding con His120 y Phe122. A continuación, los compuestos de la parte superior de la clasificación se evaluaron mediante MD de 50 ns y los resultados mostraron que el grupo fosfato de estos compuestos podía establecer un puente salino con His110. Además, Tyr76, Ala87, Met91, Trp113 y Phe122 eran importantes para las interacciones hidrofóbicas con el ligando. Estos resultados ponen de relieve la importancia de evaluaciones precisas como los estudios de MD para analizar los resultados del docking en la identificación de nuevos moduladores odorantes.

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