Resumen

Se ha desarrollado un método para identificar un aptámero en una sola ronda utilizando microarrays de ADN personalizados que contienen bibliotecas de patrones derivados computacionalmente que no incorporan información sobre las secuencias de aptámeros de unión a trombina previamente descritos. La biblioteca de ADN se diseñó específicamente para aumentar la probabilidad de unión mediante el aumento de la complejidad estructural en un entorno confinado en el espacio de secuencias, de forma muy similar a la generación de compuestos principales en una biblioteca combinatoria de cribado de fármacos. Se confirmó que la secuencia que mostraba la mayor intensidad de fluorescencia tras la adición de la diana se unía a la molécula diana trombina con especificidad mediante resonancia de plasmón superficial, y se utilizó una novedosa combinación de RMN de imino protones/2D NOESY para detectar la formación de cuartetos G en la estructura. Proponemos que la falta de estructura de cuarteto G en los aptámeros derivados de microarrays puede poner de manifiesto diferencias en los mecanismos de unión entre las estrategias inmovilizadas en superficie y las basadas en solución. Este estudio de prueba de principio pone de relieve el uso de una metodología computacional para crear una biblioteca de ADN en lugar de un enfoque basado en SELEX. Este trabajo es beneficioso para el campo de los biosensores, donde los aptámeros seleccionados por evolución basada en solución han demostrado ser difíciles de retener la función de unión cuando se inmovilizan en una superficie.

• Materias:Reacciones químicas Análisis cromatográfico Análisis químico Espectroscopia Farmacocinética
• Subjects:Chemical reactions Chromatographic analysis Chemical test Spectroscopy Pharmacokinetics
• Palabras claves:aptámeros, biblioteca de adn, biblioteca combinatoria de cribado de fármacos, nueva combinación imino protón nmr/2d noesy, microarrays de adn personalizados, mayor intensidad de fluorescencia, resonancia de plasmón superficial, molécula diana trombina, secuencia, solución
• Keywords:aptamers, dna library, combinatorial drug screening library, novel imino proton nmr/2d noesy combination, custom dna microarrays, highest fluorescence intensity, surface plasmon resonance, target molecule thrombin, sequence, solution