Resumen

Antecedentes y objetivo. En los pacientes con carcinoma hepatocelular (CHC) irresecable en estadio intermedio, la quimioembolización arterial transcatéter (TACE) es la base del tratamiento. Existe una necesidad clínica urgente de identificar biomarcadores fiables para predecir la respuesta de los pacientes con CHC al tratamiento con TACE. Nuestro objetivo fue identificar una firma génica para predecir la respuesta a TACE en pacientes con CHC basada en análisis bioinformáticos. Métodos. Descargamos de la base de datos Gene Expression Omnibus (GEO) el perfil de expresión génica GSE104580 basado en 147 muestras tumorales de 81 pacientes que respondieron a TACE y 66 que no respondieron. A continuación, dividimos aleatoriamente las 147 muestras tumorales en un conjunto de entrenamiento (n=89) y un conjunto de validación (n=58) y seleccionamos los genes expresados diferencialmente (DEG) en el conjunto de entrenamiento. Se realizaron análisis de enriquecimiento de términos de la Ontología de Genes (GO) y de vías de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG) para anotar las funciones de los DEG. Los DEG se mapearon en el sitio web STRING para construir interacciones proteína-proteína (PPI). El valor predictivo de los genes candidatos mediante curvas ROC (receiver-operating characteristic) se verificó en el conjunto de validación. Resultados. Encontramos 158 DEGs (92 genes regulados al alza y 66 genes regulados a la baja) en el conjunto de entrenamiento. El análisis de enriquecimiento GO reveló que los DEGs estaban significativamente enriquecidos en procesos metabólicos y catabólicos, como el proceso metabólico de fármacos, el proceso metabólico de ácidos grasos y el proceso catabólico de moléculas pequeñas. El análisis de vías KEGG reveló que los DEG se concentraban principalmente en el metabolismo de fármacos por el citocromo P450, el metabolismo de xenobióticos por el citocromo P450 y la carcinogénesis química. Identificamos 6 genes candidatos (CXCL8, AFP, CYP1A1, MMP9, CYP3A4, y SERPINC1) basados en la red PPI de los DEGs, que tenían un alto valor predictivo en la respuesta del CHC a TACE con un área bajo la curva (AUC) de 0,875 y 0,897 para el conjunto de entrenamiento y el conjunto de validación, respectivamente. Conclusiones. Mediante un análisis bioinformático exhaustivo, identificamos una firma de seis genes que podrían ser biomarcadores para predecir la respuesta del CHC a la TACE. Sin embargo, es necesario verificar las funciones reales de estos genes.

• Materias:Análisis electroquímico Nanotecnología Nanoestructuras Nanocompuestos Nanotubos
• Subjects:Electrochemical analysis Nanotechnology Nanostructures Nanocomposites Nanotubes
• Palabras claves:degs, conjunto de entrenamiento, conjunto de validación, tace, genes, pacientes con hcc, respuesta al hcc, genes candidatos, citocromo p450, firma génica
• Keywords:degs, training set, validation set, tace, genes, hcc patients, hcc response, candidate genes, cytochrome p450, gene signature