Resumen

Como parte de los complejos de remodelación de la cromatina (CRC), las proteínas de la familia de la sacarosa no fermentadora 2 (Snf2) alteran la estructura de la cromatina y la posición de los nucleosomas utilizando la energía del ATP, lo que permite a otras proteínas reguladoras acceder al ADN. Los genomas de las plantas codifican un gran número de proteínas Snf2, y algunas de ellas han demostrado ser los reguladores clave en diferentes etapas de desarrollo en Arabidopsis. Sin embargo, poco se sabe sobre las funciones de las proteínas Snf2 en tomate (Solanum lycopersicum). En este estudio, se identificaron 45 Snf2s mediante la búsqueda homóloga utilizando secuencias representativas de levadura (S. cerevisiae), mosca de la fruta (D. melanogaster) y Arabidopsis (A. thaliana) frente al conjunto de datos de anotación del genoma del tomate. Las proteínas Snf2 del tomate (también denominadas SlCHRs) podían agruparse en 6 grupos y distribuirse en 11 cromosomas. Todas las SlCHR contenían un dominio Helicasa-C con unos 80 residuos de aminoácidos y un dominio SNF2-N con residuos de aminoácidos más variables. Además, también se identificaron otros motivos conservados en los SlCHR mediante el programa MEME. El análisis del perfil de expresión indicó que los genes de la familia Snf2 del tomate mostraban una amplia gama de expresiones en diferentes tejidos y que algunos de ellos estaban regulados por estímulos ambientales como el ácido salicílico, el ácido abscísico, la sal y el frío. En conjunto, estos resultados permiten comprender mejor las funciones de los SlCHR en tomate.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Genética vegetal Genómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Plant genetics Genomics Computational biology
• Palabras claves:SlCHRs, tomate, proteínas Snf2, conjunto de datos de anotación del genoma del tomate, residuos de aminoácidos variables, análisis de perfiles de expresión, residuos de aminoácidos, diferentes etapas de desarrollo, otros motivos conservados, otras proteínas reguladoras.
• Keywords:SlCHRs, tomato, Snf2 proteins, tomato genome annotation dataset, variable amino acid residues, Expression profile analysis, amino acid residues, different developmental stages, other conserved motifs, other regulatory proteins