Resumen

La alineación de estructuras proteicas se ha convertido en una importante estrategia para identificar relaciones evolutivas entre secuencias de proteínas. Actualmente existen varias herramientas de alineamiento para la comparación online de estructuras proteicas. En este artículo, proponemos un servicio paralelo de alineación de estructuras proteicas basado en el marco de distribución Hadoop. Este servicio incluye un algoritmo de alineamiento de estructuras proteicas, un algoritmo de refinamiento y un modelo de programación MapReduce. El algoritmo de refinamiento refina el resultado del alineamiento. Para procesar un gran número de estructuras de proteínas en paralelo, los algoritmos de alineación y refinamiento se implementan utilizando MapReduce. Analizamos y comparamos los alineamientos de estructuras producidos por diferentes métodos utilizando un conjunto de datos seleccionados aleatoriamente de la base de datos PDB. Los resultados experimentales verifican que el algoritmo propuesto refina las alineaciones resultantes con mayor precisión que los algoritmos existentes. Mientras tanto, el rendimiento computacional del servicio propuesto es proporcional al número de procesadores utilizados en nuestra plataforma en la nube.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Genómica Polimorfismo genético Proteómica Biología computacional
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Genomics Genetic polymorphism Proteomics Computational biology
• Palabras claves:estructuras proteicas, algoritmo de refinamiento, servicio paralelo de alineación de estructuras proteicas, algoritmo de alineación de estructuras proteicas, marco de distribución Hadoop, modelo de programación MapReduce, alineación de estructuras proteicas, varias herramientas de alineación, alineación, servicio
• Keywords:protein structures, refinement algorithm, parallel protein structure alignment service, protein structure alignment algorithm, Hadoop distribution framework, MapReduce programming model, Protein structure alignment, Several alignment tools, alignment, service