Los microsatélites abundan en la mayoría de los organismos y han demostrado su utilidad para una serie de estudios genéticos y genómicos. Una vez creados los cebadores, pueden aplicarse a poblaciones o taxones que hayan divergido del taxón de origen. Utilizamos la amplificación por PCR, en un formato de 96 pocillos, para determinar la presencia y ausencia de 46 loci microsatélite en 13 especies de cíclidos. Al menos un cebador amplificó un producto en cada especie analizada, y algunos productos estaban presentes en casi todas las especies. Estos resultados se comparan con las relaciones filogenéticas conocidas entre los cíclidos. Aunque no abordamos la variación intraespecífica, nuestros resultados presentan un índice filogenético para el éxito de la amplificación del producto del cebador microsatélite PCR, proporcionando así información relativa a una colección de cebadores que son aplicables a una amplia gama de especies. Mediante el uso de un panel de cebadores tan uniforme, se incrementaría el impacto potencial para las especies cruzadas.
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