Aunque el uso de la vinaza como residuo ayuda a reponer los nutrientes del suelo y mejora la calidad del cultivo de la caña de azúcar, se sabe que los residuos de vinaza alteran la diversidad de bacterias presentes de forma natural en el suelo. Los impactos reales de la aplicación de la vinaza en la selección de taxones bacterianos no se comprenden porque ningún estudio ha abordado este fenómeno directamente. El análisis de secuencias de clones del gen 16S rRNA de cuatro tipos de suelo mostró que el suelo plantado con caña de azúcar y fertilizado con vinaza tiene una alta diversidad de bacterias en comparación con otros biomas, donde las Acidobacterias fueron el segundo phylum más abundante. Aunque la composición y estructura de las comunidades bacterianas difieren significativamente en los cuatro ambientes (prueba de Libshuff), los suelos forestales y los suelos plantados con caña de azúcar sin fertilizante de vinaza fueron similares entre sí porque comparten al menos 28 OTUs relacionadas con Rhizobiales, que son importantes agentes implicados en la fijación del nitrógeno. Las OTU pertenecientes a Actinomycetales se detectaron con mayor frecuencia en el suelo al que se había aplicado vinaza, lo que indica que estos grupos se ven más favorecidos por este tipo de gestión de la tierra.
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