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Influence of a Hairpin Loop on the Thermodynamic Stability of a DNA OligomerInfluencia de un bucle en horquilla en la estabilidad termodinámica de un oligómero de ADN

Resumen

Se utilizó la DSC para evaluar el mecanismo de despliegue inducido térmicamente de la horquilla monocatenaria HP = 5′-CGGAATTCCGTCTCCGGAATTCCG-3′ y su núcleo dúplex D (5′-CGGAATTCCG-3′)2. Los experimentos de fusión DSC realizados a varias concentraciones de sal se describieron con éxito para HP y D en términos de un modelo de transición de tres estados HP↔I (estado intermedio) ↔ S (estado monocatenario desplegado) y un modelo de transición de dos estados D↔2S, respectivamente. La comparación de los parámetros termodinámicos basados en el modelo obtenidos para cada transición HP y D muestra que en el despliegue de HP sólo la transición HP↔I se ve afectada por el bucle TCTC. Esta observación sugiere que en el estado intermedio su parte de bucle TCTC exhibe una estructura significativamente más flexible que en el estado plegado, mientras que su parte dúplex permanece prácticamente inalterada.

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