Resumen

El panorama preciso de las isoformas de los transcritos desempeña un papel importante en la comprensión de la función y la regulación de los genes. Sin embargo, la construcción de transcritos completos es muy difícil para las lecturas cortas generadas mediante secuenciación de nueva generación. Afortunadamente, la secuenciación de isoformas (Iso-Seq) mediante tecnologías de secuenciación de molécula única, como PacBio SMRT, proporciona lecturas largas que abarcan isoformas de transcripción completas que no requieren ensamblaje. Por lo tanto, hemos desarrollado ISOdb, una base de datos de recursos integral para alojar y llevar a cabo un análisis en profundidad de los conjuntos de datos Iso-Seq y visualizar las isoformas de transcripción de longitud completa. La versión actual de ISOdb ha recopilado 93 muestras de Iso-Seq disponibles públicamente de ocho especies y presenta las muestras en dos niveles: (1) nivel de muestra, incluyendo metainformación, distribución de lecturas largas, números de isoformas y eventos de splicing alternativo (AS) de cada muestra; (2) nivel de gen, incluyendo el total de isoformas, el número de isoformas nuevas, el número de AS nuevas y la visualización de isoformas de cada gen. Además, ISOdb ofrece una interfaz de usuario en el sitio web para cargar la información de las muestras con el fin de facilitar la recopilación y el análisis de los conjuntos de datos de los investigadores. En la actualidad, ISOdb es el primer repositorio que ofrece recursos completos y un cómodo acceso público para alojar, analizar y visualizar datos Iso-Seq, de libre acceso.

• Materias:Ácido ribonucleico (ARN) Biosíntesis Biogénesis Genética vegetal Genómica
• Subjects:Ribonucleic acid (RNA) Biosynthesis Biogenesis Plant genetics Genomics
• Palabras claves:ISOdb, Iso, base de datos de recursos exhaustiva, acceso público cómodo, isoformas de transcripción completas, isoformas de transcripción de longitud, tecnologías de secuenciación de moléculas, número de isoformas novedosas, PacBio SMRT, Seq data
• Keywords:ISOdb, Iso, comprehensive resource database, convenient public access, entire transcript isoforms, length transcript isoforms, molecule sequencing technologies, novel isoform number, PacBio SMRT, Seq data