Las especies de agave constituyen una importante familia de plantas de metabolismo ácido crasuláceo (CAM) con una notable tolerancia al estrés por calor y sequía (Agave deserti) en regiones áridas y múltiples aplicaciones agrícolas, como la producción de aguardiente (Agave tequilana) y fibra (Agave sisalana). Los genomas de los agaves suelen ser demasiado grandes para ser secuenciados, lo que ha restringido significativamente nuestra comprensión de las bases moleculares de la tolerancia al estrés y los rasgos económicos de los agaves. En este estudio, recopilamos tres bases de datos de transcriptomas para comparar y revelar las relaciones filogénicas y los patrones de evolución de las tres especies de agave. Los resultados indicaron las relaciones cercanas pero claramente domesticadas entre A. tequilana y A. sisalana. Las selecciones abióticas y bióticas naturales son factores muy importantes que han contribuido a los rasgos económicos distintivos en la domesticación del agave, junto con la selección artificial. Además, se identificaron una serie de unigenes candidatos que regulan los rasgos relacionados con el fructano, la fibra y la respuesta al estrés en A. tequilana, A. sisalana y A. deserti, respectivamente. Este estudio representa la primera comparación transcriptómica entre agaves domesticados y silvestres, lo que servirá de guía para futuros estudios sobre la evolución del agave, la adaptación al medio ambiente y la mejora de rasgos de importancia económica.
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