Resumen

La huella metabólica ofrece un enfoque relativamente sencillo para explotar el potencial de la metabolómica en la caracterización fenotípica de las células microbianas. Para captar la naturaleza altamente dinámica de los metabolitos, proponemos el uso de la huella metabólica dinámica en lugar del método tradicional que se basa en el análisis en un único punto temporal. Utilizando la espectrometría de masas por infusión directa (DI-MS), pudimos observar la huella metabólica dinámica en la levadura S. cerevisiae BY4709 (tipo salvaje) cultivada en 3 fuentes de C diferentes (glucosa, glicerol y etanol) y muestreada a lo largo de 10 puntos temporales con 5 réplicas biológicas. Para analizar los datos de espectrometría de masas dinámica, desarrollamos nuevos métodos de análisis que nos permiten realizar análisis de correlación para identificar metabolitos que se correlacionan significativamente a lo largo del tiempo durante el crecimiento en las diferentes fuentes de carbono. Se realizaron modos de ionización por electrospray (ESI) positivos y negativos para obtener la información completa sobre el contenido de metabolitos. Utilizando el análisis de componentes principales dispersos (Sparse PCA), identificamos además aquellos pares de metabolitos que contribuyen significativamente a la separación. A partir de la lista de pares de metabolitos significativos, reconstruimos un mapa de interacciones que proporciona información de cómo las diferentes rutas metabólicas tienen patrones correlacionados durante el crecimiento en las diferentes fuentes de carbono.

• Materias:Genes Ácido ribonucleico (ARN) Genética vegetal Genómica Polimorfismo genético
• Subjects:Genes Ribonucleic acid (RNA) Plant genetics Genomics Genetic polymorphism
• Palabras claves:diferentes fuentes de carbono, huella metabólica dinámica, metabolitos, datos dinámicos de espectrometría de masas, análisis disperso de componentes principales, levadura S. cerevisiae BY4709, diferentes rutas metabólicas, ionización negativa por electrospray, nuevos métodos de análisis, pares de metabolitos significativos.
• Keywords:different carbon sources, dynamic metabolic footprinting, metabolites, dynamic mass spectrometry data, sparse principal component analysis, yeast S. cerevisiae BY4709, different metabolic pathways, negative electrospray ionization, novel analysis methods, significant metabolite pairs