Las rodopsinas son proteínas fotoreceptoras con siete hélices alfa transmembranales y un retinal unido covalentemente. Según sus secuencias de proteínas, las rodopsinas se pueden clasificar en rodopsinas microbianas y rodopsinas de metazoos. Debido a que no hay una identidad de secuencia claramente detectable entre estos dos grupos, su relación evolutiva fue difícil de determinar. A través de la inferencia del estado ancestral, encontramos que las rodopsinas microbianas y las rodopsinas de metazoos están relacionadas de manera divergente en sus dominios de siete hélices transmembranales. Nuestro resultado propone que son proteínas homólogas y que las rodopsinas de metazoos se originaron a partir de las rodopsinas microbianas. La alineación de estructuras muestra que las rodopsinas microbianas y las rodopsinas de metazoos comparten una homología estructural notable, aunque la posición de la lisina de unión al retinal es diferente entre ellas. Esto sugiere que la función de fotorece
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