Un saneamiento deficiente, un tratamiento deficiente de las aguas residuales, así como inundaciones catastróficas introducen bacterias patógenas en los ríos, infectando y matando a muchas personas. El objetivo de agua limpia para todos debe alcanzarse con una población humana que sigue creciendo y su rápida concentración en grandes ciudades, a menudo megaciudades. El tiempo que los patógenos introducidos sobreviven en los ríos y cuáles son sus nichos siguen siendo poco conocidos, pero esenciales para controlar las enfermedades transmitidas por el agua en las megaciudades. Las biopelículas suelen ser nichos para diversos patógenos porque poseen altas resistencias frente al estrés ambiental. También facilitan la transferencia de genes de resistencia a los antibióticos, lo que se ha convertido en un problema sanitario cada vez mayor. Además de las biopelículas, las amebas son portadoras de bacterias patógenas y nichos para su supervivencia. Se ofrece una visión general de nuestros conocimientos actuales sobre el destino y los nichos de los patógenos en los ríos, la multitud de interacciones de la comunidad microbiana y el impacto de las inundaciones graves, un requisito previo para controlar los patógenos en los ríos contaminados.
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